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政治と選挙Q＆A「政党公認候補者公募ポスター」に関する裁判例(63)平成27年 7月17日　東京地裁　平２５（行ウ）６９９号　難民の認定をしない処分取消等請求事件

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「政党公認候補者公募ポスター」に関する裁判例(63)平成27年 7月17日　東京地裁　平２５（行ウ）６９９号　難民の認定をしない処分取消等請求事件

裁判年月日　平成27年 7月17日　裁判所名　東京地裁　裁判区分　判決
事件番号　平２５（行ウ）６９９号
事件名　難民の認定をしない処分取消等請求事件
文献番号　2015WLJPCA07178023

東京都品川区〈以下省略〉
原告Ｘ
同訴訟代理人弁護士生田康介
同皆川涼子
東京都千代田区〈以下省略〉
被告国
同代表者兼処分行政庁法務大臣　Ａ
裁決行政庁兼処分行政庁東京入国管理局長　Ｂ
処分行政庁東京入国管理局主任審査官　Ｃ
被告指定代理人Ｄほか別紙指定代理人目録記載のとおり

主文

１　原告の請求をいずれも棄却する。
２　訴訟費用は原告の負担とする。

事実及び理由

第１　請求
１　東京入国管理局長が平成２１年４月２４日に原告に対してした出入国管理及び難民認定法（平成２１年法律第７９号による改正前のもの。以下「入管法」という。）４９条１項の規定に基づく原告の異議の申出は理由がない旨の裁決（以下本件裁決」という。）が無効であることを確認する。
２　東京入国管理局主任審査官が平成２１年４月２８日に原告に対してした退去強制令書発付処分（以下「本件退令発付処分」という。）が無効であることを確認する。
３　法務大臣が平成２１年１２月７日付けで原告に対してした難民の認定をしない処分（以下「本件難民不認定処分」という。）を取り消す。
４　東京入国管理局長が平成２１年１２月１１日に原告に対してした入管法６１条の２の２第２項の規定に基づく在留を特別に許可しない処分（以下「本件在特不許可処分」という。）が無効であることを確認する。
第２　事案の概要等
本件は，ウガンダ共和国（以下「ウガンダ」という。また，同国が支配する領域又は同国以前にその領域を支配していた国についても「ウガンダ」ということがある。）の国籍を有する外国人の男性である原告が，退去強制の手続において，法務大臣から権限の委任を受けた東京入国管理局長（以下，法務大臣及び法務大臣から権限の委任を受けた地方入国管理局長を総称して「法務大臣等」という。」）から本件裁決を受けるとともに，東京入国管理局主任審査官から本件退令発付処分を受け，その後，入管法６１条の２第１項の規定に基づき難民である旨の認定の申請をしたところ，法務大臣から本件難民不認定処分を受けるとともに，東京入国管理局長から本件在特不許可処分を受けたことについて，これらの各処分はいずれも違法であるとして，本件難民不認定処分の取消しと本件裁決，本件退令発付処分及び本件在特不許可処分がいずれも無効であることの確認を求める事案である。
１　前提事実（証拠等を掲記しない事実は，当事者間に争いがない。なお，(4)ケの事実は当裁判所に顕著である。）
(1) 　原告の身分事項
原告は，１９７６年（昭和５１年）○月○日，ウガンダにおいて出生したウガンダの国籍を有する外国人の男性である。
(2) 　原告の入国及び在留の状況等
ア　原告は，平成２０年４月１１日，成田国際空港に到着し，「渡航目的」を「商用」，「日本滞在予定期間」を「５日」，「日本の連絡先」を「○○」と記載された外国人入国記録を提出して上陸の申請をし，東京入国管理局成田空港支局入国審査官から，在留資格を「短期滞在」，在留期間を「９０日」とする上陸許可の証印を受けて本邦に上陸した（乙１）。
イ　原告は，平成２０年６月９日，愛知県豊明市長に対し，居住地を「愛知県豊明市〈以下省略〉」とする外国人登録法（平成２１年法律第７９号による廃止前のもの。以下「外登法」という。）に基づく登録の申請をし，その旨の登録を受けた。
ウ　原告は，平成２０年７月１１日，在留期間を「３０日」とする在留期間の更新を受けた。
エ　原告は，在留期間の更新又は在留資格の変更を受けないで，在留期間の末日である平成２０年８月９日を超えて本邦に残留した（乙１）。
オ　原告は，平成２３年１月２０日，茨城県牛久市長に対し，居住地を「茨城県牛久市〈以下省略〉」とする外登法に基づく居住地変更の登録の申請をし，その旨の登録を受けた。
カ　原告は，平成２３年５月９日，東京都品川区長に対し，居住地を「東京都品川区〈以下省略〉」とする外登法に基づく居住地変更の登録の申請をし，その旨の登録を受けた。
(3) 　退去強制に関する手続等
ア　原告は，平成２１年３月３日，茨城県笠間警察署警察官により，入管法違反の罪に係る現行犯人として逮捕された。
イ　水戸地方検察庁検察官は，平成２１年３月６日，東京入国管理局入国警備官に原告が入管法２４条に該当する容疑者として通報し，東京入国管理局入国警備官は，同月９日，原告について入管法違反（同法２４条４号ロ）容疑事件を立件した。
ウ　東京入国管理局主任審査官は，平成２１年３月１２日，原告が入管法２４条４号ロ（不法残留）に該当すると疑うに足りる相当の理由があるとして，収容令書を発付した。
エ　水戸地方検察庁検察官は，平成２１年３月１３日，入管法違反の罪に係る被疑者として受け取っていた原告について，公訴を提起しないと決定し，東京入国管理局入国警備官に引き渡し，東京入国管理局入国警備官は，同日，前記ウの収容令書を執行し，原告を東京入国管理局収容場に収容して違反調査をし，東京入国管理局入国審査官に引き渡した。
オ　東京入国管理局入国審査官は，原告につき審査をし，平成２１年３月１８日，原告が入管法２４条４号ロに該当し，かつ，出国命令対象者に該当しないと認定し，原告にその旨を知らせたところ，原告は，同日，東京入国管理局特別審理官に対し口頭審理の請求をした。
カ　東京入国管理局主任審査官は，平成２１年４月６日，原告に係る収容期間を同年５月１１日まで延長した。
キ　東京入国管理局特別審理官は，平成２１年４月７日，原告につき口頭審理を行い，その結果，上記オの認定が誤りがないと判定し，原告にその旨を知らせたところ，原告は，同日，法務大臣に対し異議を申し出た。
ク　法務大臣から権限の委任を受けた東京入国管理局長は，平成２１年４月２４日，上記キの異議の申出に対し，本件裁決をし，その結果を東京入国管理局主任審査官に通知した。
ケ　上記クの通知を受けた東京入国管理局主任審査官は，平成２１年４月２８日，原告に対し，その旨を知らせるとともに，本件退令発付処分をし，東京入国管理局入国警備官は，同日，本件退令発付処分に係る退去強制令書を執行し，原告を東京入国管理局収容場に引き続き収容した。
コ　東京入国管理局入国警備官は，平成２１年６月２３日，原告を入国者収容所東日本入国管理センターに移収した。
サ　入国者収容所東日本入国管理センター所長は，平成２２年１２月２１日，原告を仮放免した。
(4) 　難民の認定の申請に関する手続等
ア　原告は，平成２１年６月３０日，法務大臣に対し，難民の認定の申請（以下「本件難民申請」という。）をした。
イ　東京入国管理局難民調査官は，平成２１年１１月９日及び同月１０日，事実の調査として原告から事情を聴取した。
ウ　法務大臣は，平成２１年１２月７日，本件難民不認定処分をし，同月１７日，原告に対しその旨を通知した。
エ　法務大臣から権限の委任を受けた東京入国管理局長は，平成２１年１２月１１日，本件在特不許可処分をし，同月１７日，原告に対しその旨を通知した。
オ　原告は，平成２１年１２月１８日，法務大臣に対し，本件難民不認定処分について異議申立て（以下「本件異議申立て」という。）をした。
カ　東京入国管理局難民調査官は，平成２３年５月２４日，原告について口頭意見陳述及び審尋の手続（以下「本件審尋」という。）を実施した。
キ　法務大臣は，平成２５年７月１２日，難民審査参与員の意見を聴いた上で，本件異議申立てを棄却する旨の決定（以下「本件異議申立棄却決定」という。）をし，同年８月２１日，原告にその旨を通知した。
ク　原告は，平成２５年９月４日，法務大臣に対し，２回目の難民の認定の申請をした。
ケ　原告は，平成２５年１１月５日，本件訴えを提起した。
２　争点
(1) 　本件難民不認定処分の適法性（争点１）
(2) 　本件在特不許可処分の効力（争点２）
(3) 　本件裁決の効力（争点３）
(4) 　本件退令発付処分の効力（争点４）
３　本件難民不認定処分の適法性（争点１）に関する当事者の主張の要点
（原告の主張の要点）
(1)　難民の意義等について
ア　迫害の概念
入管法に定める「難民」は，難民の地位に関する条約（以下「難民条約」という。）１条又は難民の地位に関する議定書（以下「難民議定書」という。）１条の規定により難民条約の適用を受ける難民と同義であり（入管法２条３号の２），難民条約においては，締約国が難民の意義について何らの留保を付することも認めていないから，「難民」の意義や解釈においては，全て難民条約，難民議定書の解釈によって国際的に統一的に導かれなければならず，その解釈が締約国ごとに独自にされることは許されていない。
「迫害」についての解釈をみると，国連難民高等弁務官事務所（以下「ＵＮＨＣＲ」という。）は，難民条約において，同条約の適用を監督する責務を与えられるなど，難民問題に関する公的かつ専門的国際機関として位置付けられ，実際にもかかる役割を果たしているところ，ＵＮＨＣＲが難民認定基準を記した「難民認定基準ハンドブック」によれば，迫害の概念を，生命又は身体の自由に対する侵害に限定せず，差別的措置も状況によっては「迫害」に該当するとしている。また，難民法の第一人者又は権威とされている学者による定義や，難民条約締約国である英国，オーストラリア，米国，カナダ及びニュージランドにおける実務をみても，迫害の概念を生命又は身体の自由の侵害に限定していないのであって，「迫害」を身体又は生命の自由に対する侵害に限定しないという解釈は，国際的に一致している。
そして，かかる解釈は，条約加入時の日本政府の解釈とも一致し，近時の裁判例においてもこれを支持するものが出始めている。
また，条約は，文脈によりかつその趣旨及び目的に照らして与えられる用語の通常の意味に従い，誠実に解釈することが求められているところ（条約法に関するウィーン条約３１条１項），かかる解釈が「迫害」という「用語の通常の意味」に合致する。
したがって，迫害の概念については，生命又は身体の自由の侵害に限定するべきではなく，その他の人権の重大な侵害も含むと解すべきである。
イ　「迫害を受けるおそれがあるという十分に理由のある恐怖」について
「十分に理由のある恐怖」を判断する際には，申請者の個人的体験だけではなく，申請者と同様の状況にある者に関する情報が，申請者の身に起こり得る事態を予見する上で有益となるから，考慮に入れられるべきである。
また，迫害は，個人単位で発現するとは限らないから，ある集団に対し一般的に抑圧された状況があれば，その状況下にいる個人がその中で特に劣悪な状態に置かれているかを問題にするのではなく，一般的な抑圧状況等の事情を検討して，迫害のおそれの有無を判断する必要がある。難民認定基準ハンドブックにおいても「難民の地位は，通常は個別に判定されなければならないが，集団の構成員が個別的に難民であると考えられるような状況の下で全集団が流浪するような事態も出現している」とし，いわゆる「集団認定」が認められている。
難民認定につき日本よりはるかに豊富な認定実績を有する難民条約締約国における裁判例によれば，難民条約１条にある難民の定義中「迫害を受けるおそれがあるという十分に理由のある恐怖」の解釈について，「十分な理由のある恐怖を感じるには迫害の可能性が客観的に５０パーセント以上存在することを要しない」とされ，それを大幅に下回ってもなお認められるとしている。
このような各国の裁判例は，条約法に関するウィーン条約３２条の「解釈の補足的手段」となり得るものである。
(2)　立証責任等について
ア　条文解釈について
難民認定手続（入管法６１条１の２第１項及び６１条の２の３第１項）が制定されるときに国会で行われた答弁から明らかなように，難民認定手続においては，申請者と認定機関が難民該当性の有無の調査の負担を分かち合うというのが立法者の意思である。これらの規定の解釈に当たっては，いたずらに文理に拘泥することなく，このような立法者の意思に適合的に解釈しなければならない。
被告は，入管法６１条の２第１項の「申請があったときは，その提出した資料に基づき」との文言を根拠として，申請者が資料提出と立証の責任を負担すると主張する。しかしながら，同じ規定の中で「法務大臣は…難民である旨の認定…を行うことができる。」とされているのに，難民の認定はき束裁量であると解釈されているのは，被告も認めているところであり，被告は，同規定の一部については形式的に文理解釈すべきでないことを承認していることになる。そうであるから，資料提出及び立証の負担についてのみ，立法者の意思に反してまで形式文理に拘泥した解釈に固執するべきではない。
イ　被告の難民認定が授益処分であるとの主張について
難民保護制度は，放置すれば生命・身体・財産が危険にさらされるおそれのある者を，人道上の観点から保護することを目的とする制度である。難民認定処分は，その者が難民という地位を有することを確認する処分にすぎず，授益処分ではない。仮に，難民認定処分が授益的側面を有するとしても，難民が難民と認定されることの重要性，翻っていえば，難民が難民と認定されず国籍国に送還される場合の結果の重大性が顕著であること等からすれば，難民認定手続において，申請者と認定機関は立証の負担を分かち合うべきである。
ウ　資料との距離について
難民該当性の判断の対象とされる諸事情のうち，一般的な迫害については，秘密裡に遂行されているわけではないし，申請者に関する具体的事実のうち，例えば反政府デモに参加した，逮捕・投獄された，拷問を受けたなどといった出来事は，秘密裡にされるものではない。そして，申請者に対する迫害（又はそのおそれ）は，国家等から特定の集団に対する迫害の中でされるものであり，迫害又は迫害のおそれの背景にある事情，すなわち出身国の事情を把握することなしに難民該当性を判断することは困難であるが，申請者がそのような事情について，的確な証拠を提示することは極めて困難である。むしろ，法務大臣等の難民認定機関において情報収集，分析能力を駆使して社会情勢を調査し，迫害の背景事情等を把握する方が有効かつ的確である。さらに，申請者は，難民認定手続について素人であり，どのような情報を提供すればよいかの知識を有していないから，難民認定機関の事実調査において，申請者に対する働きかけが非常に重要となる。難民該当性の判断に必要な情報や情報収集手段を申請者と難民認定機関で適切に分担することにより，難民認定の精度を高めることが可能となる。
エ　真偽不明について
難民認定制度が難民保護を目的とするものであることから，難民を確実に保護するためには難民を取りこぼすことなく全て拾い上げることが必要であるから，難民認定機関は，申請者と協力して難民該当性が証明できるよう努力しなければならない。すなわち，被告が申請者の難民該当性を否定するための立証をしなければならない理由はない。この点，被告は，難民該当性について真偽不明であれば難民と認定されない旨主張するが，一方がある事実の存在を，他方がその不存在を立証する負担を負うという発想自体，民事訴訟手続の立証責任論に拘泥した誤った考え方である。
オ　立証基準について
難民認定不認定処分の取消訴訟においては，当該処分の適法性が吟味されるのであるから，その立証基準をまず確定しなければならない。そして，難民条約の難民保護という目的，難民該当性の立証困難性と送還された場合の結果の重大性，「１０人の難民でない者を難民と認定しても，１人の難民を送還してはならない」という価値判断は，難民認定手続における立証基準についても反映されるべきである。
被告は，一般の訴訟における立証基準を述べた上で，何の説明もなく，難民認定不認定処分の取消訴訟におけるものと異なるところがないとの結論を述べているが，その論理は逆転しており，飛躍がある。
(3)　ウガンダの情勢
ア　一般的な情勢
ウガンダでは，ヨウェリ・カグダ・ムセベニ（以下「ムセベニ」という。）大統領率いる国民抵抗軍（以下「ＮＲＭ」という。）が，１９８６年（昭和６１年）に政権を掌握してから現在に至るまで統治している。ＮＲＭは，２００５年（平成１７年）に複数党制が導入されるまで，他の政党の政治，活動を禁止して支配していた。ウガンダでは，２００９年（平成２１年）当時，反政府的な抗議運動が制限されるなど，政治的自由は保障されておらず，デモ隊に対する治安当局の暴行や恣意的な逮捕が報告されているような状況にあった。また，ウガンダにおける刑務所内の環境は，生命を脅かすような状況であるといわれている。
イ　民主改革フォーラム（以下「ＦＤＣ」という。）を含む野党に対する迫害
ウガンダでは，２００５年（平成１７年）に複数党制の導入が決定され，法律上は，最大野党であるＦＤＣをはじめ，ＮＲＭ以外の政党の活動が解禁された。しかしながら，実際には，以下述べるように野党は迫害されており，政党活動の自由は保障されていない。
（ア）　ＦＤＣ党首に対する逮捕等
ＦＤＣ党首であるキッザ・ベシグエ（以下「ベシグエ」という。）は，２００５年（平成１７年）１０月，亡命先の南アフリカ共和国から戻ってきた後の同年１１月，反逆罪と強姦罪で逮捕され，勾留された。
ベシグエは，２００６年（平成１８年）１月に保釈されるまで勾留されており，そのため，勾留されたまま同年２月に開催された大統領選挙及び国会議員選挙のための活動をしなければならなかった。また，ベシグエの逮捕に抗議するデモがウガンダの各地で起き，４４名が逮捕された。
ベシグエは，２０１３年（平成２５年）に至るまでの５年間に，２８回逮捕され，６回裁判にかけられ，１度刑務所に服役した。そして，２０１３年（平成２５年）６月には，新たな抗議活動を計画したことにより２度逮捕された。
また，２２名のＦＤＣの党員が，２００５年（平成１７年）１１月，ベシグエと同様に逮捕され，うち１８名は保釈されたが，残り４名は保釈されないままだといわれている。
（イ）　ＦＤＣの議員に対する身体拘束等
ＦＤＣの議員（Betty Kamya）は，２００８年（平成２０年）２月，「ウガンダ人は，ムセベニの手中から逃れるために闘うべきだ。」と発言したことにより，煽動罪等で起訴された。他にも，ＦＤＣの議員が演説中に警察官によって服をはぎ取られ，一時的に拘束されたり，ＦＤＣの議員がウガンダのブケデア県の治安警察によって拷問を受け，死亡する事件等も起きている。
２００７年度の米国国務省国別報告書によれば，ＦＤＣの議員２名が２００５年（平成１５年）に失踪し，行方不明になっているとされている。また，２００９年度の米国国務省国別報告書によれば，ＦＤＣの党員が２００９年（平成２１年）１２月まで行方不明となっており，これは政治的に動機付けられた失踪であったとされている。
（ウ）　野党支持者に対する迫害
英国内務省国境庁作成の難民認定申請に係る運用指針において，ウガンダでは「野党は，人を集める，組織するといった活動が制限される状態が続いており，野党支持者は政府からの嫌がらせや虐待にさらされている。警察組織に身体拘束され，反逆罪で起訴される場合もある。」とされている。
１１名のＦＤＣの支持者が，２００９年（平成２１年）８月，不法な集会を開催したとして逮捕され，起訴された。これらの１１名は，２０１０年（平成２２年）４月，無罪判決を受けたが，それまでの８か月間拘束されていた。
最近では，ウガンダ政府の反政府的抗議活動に対する弾圧が多数報告されており，その中で死者も発生している。
そして，２０１２年度の米国国務省国別報告書によれば，ウガンダ政府は，違法に集会を行ったという容疑で何百人もの人々を逮捕しており，２０１１年（平成２３年）３月には，１１名のＦＤＣ支持者を逮捕したとされている。
（エ）　セーフハウスについて
国際的な人権団体であるヒューマン・ライツ・ウォッチによれば，ウガンダには「セーフハウス」と呼ばれる違法な収容所があり，そこでは，治安組織が収容者に対し激しい殴打や足蹴りなどの拷問を行うなどし，無理に情報提供させたり，自白を迫ったりしているとされる。また，ＦＤＣの党員が反逆罪など国家に対する罪で逮捕等をされた際，セーフハウスにも収容されているという報告がある。
ウ　小括
以上のとおり，ＦＤＣの党員は，党首や議員など注目される人物ではなくても，抗議デモなど反政府活動をしていると，暴行を受けたり，恣意的に逮捕されたりするおそれがあり，逮捕された場合の環境は生命を脅かすほど劣悪なものである。
(4)　原告に関する事情
ア　改革アジェンダ・フォーラム（以下「ＲＡＦ」という。）に参加するまで
原告は，大学に在籍していたとき，学生組合の指導者に立候補をするなどして政治活動に関心を持ち，民主主義を求めて政治活動を開始した。そして，原告は，１９９６年（平成８年）１月初旬，カンサンガのパブで政治問題について議論をしていた際，政府支持者及び地元の防衛隊員から，棍棒で頭部等を殴られ，足蹴にされるなどの暴行を受け，口の中が出血し，何本かの歯が欠けるなどの傷害を負った。また，原告は，そのとき銃を向けられ，威嚇射撃もされるなどし，連行されかけたが，逃げることができた。
イ　ＲＡＦへの参加
原告は，大学卒業後，非営利団体で活動をしており，２００１年（平成１３年），ＦＤＣの前身であるＲＡＦに参加し，若者を動員する活動を担当していた。
原告は，２００１年（平成１３年）３月に開催される大統領選挙を目前に控えた同年２月中旬，首都カンパラの路上において，他の人々とともに，軍服姿の男らから暴行を受けたことがあったが，何とか一命を取り留めた。
ウ　ＦＤＣへの登録等
原告は，２００６年（平成１８年）８月，首都カンパラにあるシティ・ハウスに行き，ＦＤＣの登録手続を行った。そして，原告は，２００７年（平成１９年）１２月の夜の帰宅途中，車で近付いてきた複数の者から，チェーン棒で殴打され，蹴られるなどの激しい暴行を受けた。その車にはＮＲＭのポスターが張られており，その者らは，原告に暴行しながら，政府転覆の意図を持っているという理由で，ＦＤＣに関して有する資料等を差し出すよう要求したが，原告は，そのような資料は持っていないなどと答えた。原告は，その際，幸いにも逃げ出すことができた。
エ　出国に至る経緯等
原告は，上記ウのとおり，２００７年（平成１９年）１２月に暴行等を受けたことで身の危険を感じ友人宅を泊まり歩くようになり，このような恐怖から逃れるためには一度国外に出る必要があると考え，査証手続や航空券の手配を行った上で，２００８年（平成２０年）４月，ウガンダのエンテベ空港から出国し，ケニアのナイロビ，香港を経由し，同月１１日，日本に入国した。
(5)　原告の難民該当性
ア　ＦＤＣの党員として反政府活動を行っていたこと
（ア）　原告は，ＦＤＣの党員である。このことは，党員登録申請書，選挙要員任命書，原告がウガンダのＦＤＣに依頼して発行を受けた党員証，ＦＤＣカンパラ地区委員長が「原告はＦＤＣの党員である」などと記載した書簡（以下「カンパラ地区委員長の書簡」という。），及び信用することができる原告の供述により明らかである。
原告は，ＦＤＣの党員として，若者の動員をする活動をしており，具体的には，個別に集まっている集団やコミュニティ内の小グループに狙いを定めて接触し，投票を働きかけるため戸別訪問をしたり，パブなどの人が集まる場所に出向いたりしていた。このような原告の活動はＦＤＣの支持拡大に直結するものであり，政府からみれば，取締りの対象とすべき有害なものであって，大きな脅威となる。
なお，政府の迫害は，野党の指導者層だけではなく，一般の党員にも及んでいたから，原告が一般の党員であるという理由で，迫害を受ける具体的，客観的危険性がないということはできない。
（イ）　被告は，原告が，当初は２００１年（平成１３年）にＦＤＣに入党した旨述べていたのに，その後２００１年（平成１３年）に入党したのはＲＡＦと述べ，さらには，ＦＤＣに入党したと述べるに至ったとして，合理的理由もなく供述を変遷させているから，原告のＦＤＣの党員であるという供述が信用できない旨主張する。
しかしながら，ＲＡＦは，２００１年（平成１３年）のウガンダ大統領選挙でベシグエを支援した団体が発展してできた政党で，ＦＤＣは，ＲＡＦを含む野党勢力が合併してできた政党であるから，いずれもベシグエが率いる政党であるところ，原告は，収容中に作成した陳述書（乙２２）において，２００１年（平成１３年）にベシグエの率いる政党に入党したと記載しており，この点において一致している。原告が本件難民申請をしたのは２００９年（平成２１年）であり，その際には，ベシグエが率いる政党はＦＤＣであったから，当時所属する政党の名前を挙げたにすぎない。
被告は，原告が提出したＦＤＣの党員登録申請書（MEMBERSHIP REGISTRATION FORM）が，東京入国管理局が保管しているＦＤＣの党員証（MEMBERSHIP CARD）と体裁が異なるなどと指摘するが，上記党員登録申請書は，入党をするときの手続書類であり，党員証ではないから，体裁が異なるのは当然である。
また，被告は，誰でもＦＤＣのホームページを通じて党員証を購入できることを前提とする主張をするが，そのようなホームページは存在しないから，被告の主張は前提を欠く。
被告は，ＦＤＣが合法政党であり，その党員は公然と活動することが可能であるなどとも主張する。しかしながら，複数政党制となってからも，ＦＤＣの党員の失踪や野党の党員に対する身体拘束が続いているから，ＦＤＣが合法政党である等の事実は，ＦＤＣの党員に対する迫害の危険性を否定するものにはならない。
被告は，原告がＦＤＣ内において公的な地位になかったと述べていることなどから，政府がそのような草の根レベルで活動していたにすぎない原告に関心を寄せていたとは認められず，政府が主体となって原告に暴行をしたとは考えられない旨主張する。
しかしながら，ウガンダにおいては，迫害を受けるおそれの高低について特定のパターンがあるわけではなく，地位の高低と迫害のおそれの大小は，必ずしも一致しない。また，ＮＲＭが組織として行う暴行とＮＲＭの支持者による暴行とを区別することは困難であり，原告は，ＮＲＭの支持者から暴行を受けた経験から，ウガンダに帰国したら迫害を受けるおそれがあると述べているのである。
したがって，原告が公的な地位になかったとしても，迫害のおそれは大きいというべきである。
イ　ウガンダ政府から暴行を受けた経験があること
（ア）　原告は，２００１年（平成１３年）２月及び２００７年（平成１９年）１２月，反政府活動を行ったことが原因で政府から暴行を受けた。
原告は，暴行を受けた経緯，相手方の人数，暴行の態様等について極めて具体的に供述等をしており，これを裏付ける客観的証拠はないものの，その信用性を疑わせる事情は認められず，信用することができる。
そして，原告が２００１年（平成１３年）２月に受けた暴行を行ったのは，政府軍（National Resistance Army。以下「ＮＲＡ」という。）のトラックに乗っていたことや無線機を使っていたこと，ＦＤＣの書類を入手しようとしていたことなどから，政府関係者であったとしか考えられない。また，原告は，そのとき，ベシグエから選挙要員として選任を受け選挙活動をしていたから，暴行を受けた理由は反政府活動をしていたことである。
原告が２００７年（平成１９年）１２月に暴行を受けたのも，そのとき，ＦＤＣに関して有する資料等を差し出すよう要求されたことから，ＦＤＣに所属していたため，政府から受けたものと認められる。
（イ）　被告は，原告が本件難民申請の際に提出した難民認定申請書（以下「本件難民申請書」という。）において，政治的意見を理由に暴行等を受けた事実はないと記載していたことをもって，原告が暴行を受けた事実がないことを端的に示しているなどと主張する。
しかしながら，被告は，原告が本件難民申請をした際，本件難民申請書とともに，２００９年（平成２１年）６月３０日付けの陳述書（以下「６月３０日付け陳述書」という。）を提出していることを看過している。同陳述書には，原告が２００７年（平成１９年）１２月に受けた暴行の事実が記載されており，原告は，難民調査官による事情聴取においても，同陳述書が本件難民申請書と一体として考えられるべき旨を伝えている。
そして，原告は，一貫して２００７年（平成１９年）１２月に受けた暴行の事実を供述している。そして，その後，上記暴行の事実に加え，２００１年（平成１３年）に受けた暴行についても述べるに至ったのである。
したがって，本件難民申請書の記載をもって，原告が暴行を受けた事実を否定する被告の主張は，理由がない。
ウ　原告が指名手配されたこと
（ア）　原告を指名手配する旨の写真付きの新聞広告（甲１８。以下「本件新聞広告」という。）がムセベニ大統領の親族が所有する新聞社が発行する新聞に掲載されたのであり，原告はウガンダで指名手配されており，帰国すれば，迫害を受けるおそれがある。
（イ）　被告は，本件新聞広告が，原告の難民認定申請手続に有利となるよう掲載されたものである疑いすらある旨主張するが，その合理的な根拠は示されていない。原告は，本件新聞広告掲載当時，収容されており，外部との連絡手段が著しく制限されていたし，収容当時は所持金がなかったから，原告が新聞広告を依頼することなど不可能であった。また，ＦＤＣの党員である原告が，ムセベニ大統領の親族が所有する新聞社に自らの記事の掲載を依頼することなどあり得ない。
そして，被告は，原告がＦＤＣの公的な地位にはなく，他にも同様の地位にある党員がいる旨主張するが，そのこと自体では，原告が指名手配を受ける可能性を否定できない。
また，被告は，原告が退去強制手続において提出した宣誓供述書の信用性が疑われるとし，原告が提出した証拠である本件新聞広告も同様に信用性が減殺される旨主張する。しかしながら，上記宣誓供述書は，原告が婚姻手続を進めるに当たり必要な書類を発行してもらうため，ウガンダの機関に「結婚するために必要な書類が欲しい」とだけ説明して依頼した結果作成されたものであり，原告がその内容を指示したものではない。
エ　まとめ
以上のとおり，原告は，ＦＤＣの党員として反政府活動を行っていたこと，反政府活動を理由に政府から暴行を受けた経験があること，指名手配を受けたことから，迫害を受けるおそれがあり，これらは，原告の難民該当性を基礎付ける事情といえる。
オ　難民該当性を否定する事情は存しないこと
（ア）　旅券の取得について
被告は，原告がウガンダ政府から旅券の発給を受けていることを，原告の難民該当性を否定する事情として主張する。
しかしながら，原告が有効な旅券を所持したことと，難民の地位にあることとは何ら矛盾しない。難民該当性の判断に当たっては，旅券の申請や受領，出国の状況などを具体的に認定することが必要であり，旅券の発給を受けて合法的に出国したことだけで直ちに難民該当性を否定することは不合理である。
ＵＮＨＣＲの難民認定基準ハンドブックにおいても，「旅券の所持ということが常に所持人の側の中性の証拠又は恐怖の不在の証しとして考えられてはならない。出身国において好ましくないと考えられている人間に対しても，その出国を確保するという目的のためにのみ旅券が発給されることがあり，また，旅券が秘密裡に取得されているような場合もありえよう。それ故，結論としては，真正な国民旅券を所持すること自体は難民の地位に対する障害とはならない。」旨指摘されている。
（イ）　原告がウガンダを出国した後，香港で庇護を求めていないことについて
被告は，原告がウガンダを出国した後，来日する途中で滞在していた香港において庇護を求めていないことを，難民該当性を否定する事情として主張する。
しかしながら，原告は，やがて帰国し，ウガンダの民主主義の発展のために尽力するつもりでウガンダを出国していたから，日本に入国後も，しばらくは難民の認定を申請していなかったのであり，来日前に滞在した香港で庇護を求めなかったとしても何ら不自然ではない。
なお，原告は，上記のとおりウガンダに帰国するつもりでいたが，２００９年（平成２１年）３月に不法残留の容疑で逮捕され，その後退去強制手続に付されて収容されていたときにウガンダ在住の姉に連絡をとったところ，治安部隊が原告の自宅に来て捜索等をしていったことがあり，ウガンダに帰国するのは危険であるなどと言われたために，帰国することをやめ，本件難民申請をしたものである。
（ウ）　原告が本件退令発付処分を受けるまで難民該当性に係る事情を供述していなかったことについて
原告は，退去強制手続に付されている間は，ウガンダに帰国することを検討していたため，難民該当性に係る事情を供述していなかったのであり，不合理な点はない。
(6)　以上のとおり，原告については，難民該当性を基礎付ける事情があり，被告が主張するような難民該当性を否定する事情は，いずれも失当又はそれに対する合理的な説明が可能であるから，原告は難民であり，本件難民不認定処分は違法である。
（被告の主張の要点）
(1)　難民の意義等
ア　入管法に定める「難民」とは，難民条約１条又は難民議定書１条の規定により難民条約の適用を受ける難民をいうところ（入管法２条３号の２），これらの各規定によれば，難民とは，「人種，宗教，国籍若しくは特定の社会的集団の構成員であること又は政治的意見を理由に迫害を受けるおそれがあるという十分に理由のある恐怖を有するために，国籍国の外にいる者であって，その国籍国の保護を受けることができないもの又はそのような恐怖を有するためにその国籍国の保護を受けることを望まないもの及び常居所を有していた国の外にいる無国籍者であって，当該常居所を有していた国に帰ることができないもの又はそのような恐怖を有するために当該常居所を有していた国に帰ることを望まないもの」をいう。そして，この「迫害」とは，「通常人において受忍し得ない苦痛をもたらす攻撃ないし圧迫であって，生命又は身体の自由の侵害又は抑圧」を意味し，「迫害を受けるおそれがあるという十分に理由のある恐怖を有する」というためには，当該人が迫害を受けるおそれがあるという恐怖を抱いているという主観的事情のほかに，通常人が当該人の立場に置かれた場合にも迫害の恐怖を抱くような客観的事情が存在していることが必要である。
イ　また，「迫害を受けるおそれがあるという十分に理由のある恐怖」とは，単に迫害を受けるおそれがあるという抽象的な可能性が存するにすぎないといった事情では足りず，迫害を受けるおそれがあるという恐怖を抱くような個別かつ具体的な事情が存することが必要である。
ウ　そして，難民であることを主張する原告は，自らが難民に該当することの立証責任を負い，「合理的な疑いをいれない程度の証明」をしなければならない。
(2)　ウガンダの政治情勢
ア　政治体制
ウガンダは共和制であり，大統領を国家元首とする。ムセベニは，１９８６年（昭和６１年）１月２６日にＮＲＭが首都を制圧した当時，ＮＲＭの議長であり，その直後の同月２９日，大統領に就任した。その後，ムセベニは，１９９６年（平成８年），２００１年（平成１３年），２００６年（平成１８年）及び２０１１年（平成２３年）に実施された各大統領選挙において，いずれも再選され，現在に至っている。
現議会を構成する主要政党として，ＮＲＭ，野党のＦＤＣ，ＤＰ，ウガンダ人民会議等がある。
イ　ウガンダの内政
ウガンダは，１９６２年（昭和３７年），旧宗主国である英国から独立して以来，度重なるクーデター等が繰り返されたが，現在のムセベニ政権が１９８６年（昭和６１年）に発足してからは政情は安定している。
２０００年（平成１２年）６月の国民投票では与党のＮＲＭによる一党統治体制が支持されたが，２００５年（平成１７年）７月の国民投票で複数政党制への回帰が決定された。また，同年８月には議会で憲法が改正され，大統領の任期制限が撤廃された。これらを受けて，２００６年（平成１８年），複数政党制の下で，議員選挙が実施され，ＮＲＭが勝利した。そして，２０１１年（平成２３年）２月に実施された議員選挙でも，ＮＲＭが２５０議席を獲得した。
ウ　ＦＤＣについて
ＦＤＣは，ＲＡＦ，議会擁護フォーラム及びウガンダ民主フォーラムの野党勢力が合併して創設され，これら各党の指導者たちにより，２００４年（平成１６年）８月にその創設が発表された。
ＦＤＣは，ウガンダを真に繁栄し統一された国家に変革することを目指す政党で，人々が平和に暮らし，誠実な政府の下で威厳を保って暮らせるウガンダを目指している。
２００６年（平成１８年）２月の大統領選挙において，当時，ＦＤＣの指導者であったベシグエが立候補し，総投票数の約３７パーセントを獲得したが，ムセベニ大統領に敗れた。また，同時に行われた国会議員選挙において，ＦＤＣは，３７議席を獲得し，野党第１党となった。
２０１１年（平成２３年）２月に行われた大統領選挙においても，ＦＤＣから立候補したベシグエはムセベニ大統領に敗れたが，同時に行われた国会議員選挙において，ＦＤＣは，３４議席を獲得し，野党第１党を維持した。
(3)　原告の難民該当性
以下で述べるとおり，本件難民不認定処分時において，原告に難民該当性を基礎付けるような個別具体的な迫害のおそれがあったとは認めることはできない。
ア　原告がＦＤＣの党員として活動していたとする主張について
（ア）　原告の所属政党に関する供述が合理的理由もなく変遷していること
原告は，本件難民申請時に提出した６月３０日付け陳述書において，「２００１年（平成１３年）の選挙でＦＤＣに入党した」旨記載し，その後の難民調査官による事情聴取の際も同様の供述をしていたところ，本件異議申立て手続において提出した陳述書においては，２００１年（平成１３年）に入党したのはＲＡＦであるとし，その後の本件審尋においては，２００１年（平成１３年）からＦＤＣに参加した旨述べており，所属した政党について供述を変遷させている。
この点，原告は，ＲＡＦは，ＦＤＣの前身であるなどとして，原告の所属政党に係る供述に矛盾はない旨主張するが，どの政党にいつから所属していたのかということや，所属する政党が他の政党と合併したことは，それを抜きにしてはいかなる政治活動を行っていたかを語ることができないといえるほどの重要な事実であって，自身の難民該当性を主張する上でも当然触れられるべき事実であるといえる。
それにもかかわらず，原告は，上記のとおり，所属政党についての供述を変遷させているのであって，ＲＡＦがＦＤＣの前身（正確にはＦＤＣの前身となる政党の一つ）であるということだけでは説明がつかないというべきであり，かかる供述の変遷について，合理的な理由は見いだせない。
（イ）　党員登録申請書を所持していることは，難民該当性を基礎付けるものとは認められないこと
原告は，２００６年（平成１８年）８月２日の日付の入った党員登録申請書（MEMBERSHIP REGISTRATION FORM）なる書類を提出し，これを自己の難民該当性を基礎付ける事情の一つとしている。
しかしながら，同書類は，東京入国管理局が保管しているＦＤＣの党員証（MEMBERSHIP CARD）とは明らかに体裁が異なり，どのような目的で作成される文書であるかは判然としない。
さらに，ＦＤＣは，そのホームページで，党員証を政党本部で購入できることを公にしており，その購入に特別な条件を付していないことを併せ考慮すれば，購入者が所定の金銭を支払うことにより容易に入手できる可能性が高い。そうすると，ＦＤＣの党員登録申請書はもとより，ＦＤＣの党員証を所持している人物すら，ウガンダ内外に相当多数存在するものと解されるから，同党の党員であると認識されたとしても，ウガンダ政府が迫害の対象として，強く関心を寄せているとはおよそ考えられない。
よって，党員登録申請書は原告の難民該当性を根拠付ける事情とはなり得ない。
（ウ）　選挙要員任命書の提出経緯が不自然であること
原告は，本件訴訟における本人尋問期日において，２００１年（平成１３年）の大統領選挙及び２００６年（平成１８年）の大統領選挙時に，ＦＤＣから発行されたとする選挙要員任命書を提出した。
しかしながら，原告の供述によれば，これらの選挙要員任命書は，来日前からウガンダの自宅にあったというのに，本件難民申請，本件難民不認定処分，本件異議申立棄却決定といった手続を経る中で提出することはなく，本件訴訟における本人尋問期日において突如提出するに至ったのである。このような不自然な経緯を経て提出された上記選挙要員任命書をもって，原告がＦＤＣの党員として活動していた事実を認めることはできないというべきである。
（エ）　党員証及びカンパラ地区委員長の書簡は，原告がＦＤＣの党員であることや迫害の危険性を明らかにするものとはいえないこと
原告は，ＦＤＣの党員証及びＦＤＣカンパラ地区委員長の書簡を提出している。しかしながら，原告は，本件難民不認定処分や本件異議申立棄却決定を受けるまでの間に東京入国管理局に提出することはなく，本件訴訟において本人尋問が実施され，当該尋問を踏まえた準備書面が提出され，審理が終結するという段階になって，突如，２０１４年（平成２６年）８月２７日付けの党員証を提出したのであり，それ自体不自然というべきである。
また，原告がＦＤＣの党員として活動していた旨の供述は信用し難いから，ＦＤＣカンパラ地区委員長の書簡についても，真正に作成されたものであるか疑わしいといわざるを得ない。この点をおいても，原告は，党員証と同様，審理の終結段階になって提出したのであり，不自然というべきである。
さらに，上記書簡には，原告が誘拐され，拷問を受け，死亡したものと思われ，車から降ろされたことなどが記載されているところ，その体裁等からして，ＦＤＣカンパラ地区委員長が，直接目撃したという趣旨で記載されたとは認め難い。かかる記載の内容が原告の陳述書における供述内容とほぼ同様であることをも併せみれば，上記書簡が原告の上記陳述書を基に作成されたにすぎないものであることがうかがわれ，上記書簡の記載は，原告がウガンダにおいて暴行被害を受けた事実を裏付けるものとはいえない。
したがって，上記書簡をもって，原告がＦＤＣの党員として活動していた事実，及びウガンダにおいて迫害を受けていた事実を認めることはできない。
（オ）　ウガンダにおいてＦＤＣは合法政党であり，その党員が公然と活動することが可能であること
仮に原告が主張するとおり，原告がＦＤＣの党員であったとしても，そもそも，ウガンダにおいて，ＦＤＣの政党活動は公認されており，その党員は，同国において公然と政治的活動を行うことができる。
すなわち，ウガンダは，２００５年（平成１７年）に国民投票によって複数政党制に回帰し，ＦＤＣは，２００６年（平成１８年）の議会選挙において３４議席を得て，その後選挙を経て，２０１４年（平成２６年）１月現在では３６議席を有しているのであるから，ＦＤＣは，合法政党として公認され，所属する党員は，公然と政治活動を行うことができる。したがって，仮に原告がＦＤＣの党員であるとしても，原告は合法政党との関わりを有しているということにすぎず，そのことを理由に，ウガンダ政府から政治的敵対者として関心を寄せられるとは到底考えられない。
（カ）　小括
以上のとおり，原告がウガンダにおいてＦＤＣに所属していたとは認め難いところ，そもそもウガンダにおいては，ＦＤＣは合法政党であり，ＦＤＣの党員が政治活動を行うことは認められているのであるから，仮に原告がＦＤＣの党員であるとしても，ウガンダ政府から迫害の対象とされるなどということはないから，ＦＤＣの党員として活動していた旨の原告の主張は，難民該当性を基礎付けるものではない。
イ　原告が，ウガンダにおける政治活動が原因で暴行を受けたとする主張について
（ア）　原告が本件難民申請の際，政治的意見を理由として暴行等を受けた事実はないとしていたこと
原告は，２００１年（平成１３年），２００７年（平成１９年）に暴行を受けたと主張する。
しかしながら，原告は，本件難民申請書において，「逮捕，拘留，拘禁その他身体の拘束や暴行等を受けたことがありますか。」との質問に対し，「いいえ」を選択し，暴行等を受けたことがないことを明記していたのであり，そのような暴行を受けた事実がないことを端的に示しているというべきである。したがって，本件難民申請書には記載されていない，政治活動を理由として暴行を受けた旨の供述は，作為的にされた虚偽のものである疑いが強いものといわざるを得ない。
（イ）　暴行を受けたとする原告の供述等が信用できないこと
ａ　原告は，暴行を受けた旨主張し，その旨供述をするなどしているが，それを裏付ける証拠は原告の供述以外には存在しない。
ｂ　原告は，２００１年（平成１３年）２月に暴行を受けたと主張するが，その主張や供述を前提としても，原告に暴行を加えたのは，トラックに乗った男らで，そのうちの何人かは軍服姿であり，愛国的な歌を歌っていたというにとどまるのであり，暴行の主体はウガンダ政府に属する者ではなく，政府支持者にすぎないとも考えられる。
また，原告は，２００１年（平成１３年）２月に暴行を加えた者について，本件審尋においては，政党である「ＮＲＭ」のメンバーであると供述していたのに，本人尋問において，政府軍である「ＮＲＡ」であると供述するに至った。そして，本人尋問において，この変遷について追及されると，「ＮＲＡとＮＲＭは同じものと考えていただいていいと思います。」と供述したが，原告がＮＲＡとＮＲＭとを区別して供述しており，そのようには考えられないから，不自然な変遷が生じていると評価すべきであり，その供述は信用できない。
ｃ　原告が２００７年（平成１９年）１２月に受けたとする暴行については，セキュリティエージェンシーの人間が襲ってきた旨述べているが，ナンバープレートがなく，ＮＲＭのポスターが貼ってある車に乗っていたことから判断し得たというその理由が判然としない上，ＮＲＭの下に属する組織であるというセキュリティエージェンシーの人間が，原告を連行することもなくその場でいきなり暴行に及んだと述べるのも不自然である。
また，原告は，２００７年（平成１９年）１２月に暴行を加えた者について，本件審尋においては，ＮＲＭに属するムセベニの組織であるセキュリティエージェンシーである旨供述していたのに，本人尋問においては，ＮＲＡであると供述を変遷させた上，セキュリティエージェンシーとＮＲＡが同一のものであるのかについて明確な回答をしないなど，不自然な変遷がみられ，２００７年（平成１９年）１２月に暴行を受けたとする供述は信用できない。また，この点をおき，原告の供述を前提としても，原告に暴行を加えた主体が政府関係者とは認め難いというべきである。
（ウ）　原告の主張・供述するＦＤＣの党員としての活動内容を前提にしても，原告がウガンダ政府から反政府活動家として関心を寄せられていたとは認められないこと
原告は，ＦＤＣ又はＲＡＦの党員として，若者の動員をするため，投票を働きかける活動等をしていたなどと主張する。また，原告は，ＦＤＣ内で公的な地位にはなかった旨述べ，難民調査官からの質問に対し，原告と同じ程度の活動をしていたＦＤＣの党員は「大勢いる」旨述べている。
これらの原告の供述等を前提にすると，仮に原告がＦＤＣの党員として活動していたとしても，原告と同じように草の根レベルで活動する者はウガンダ内に多数いたということになり，政府がこのような原告を執ように標的とし，暴行を加えるというのは不自然というほかない。かかる原告のＦＤＣにおける地位及び活動内容に照らせば，そもそも原告が主張するような暴行被害の存在自体極めて疑わしい上に，仮にかかる暴行被害があったとしても，その主体はウガンダ政府ではなく，政府を支持する者にすぎないというべきである。
（エ）　小括
以上によれば，原告が，政治活動を原因として暴行を受けた旨の供述は信用することができず，また，仮に，原告が複数回暴行を受けたのが真実であったとしても，その行為の主体がウガンダ政府であるとは解し難いというべきである。
ウ　原告が指名手配されたとする主張について
（ア）　原告がウガンダにおいて指名手配されているとは認められないこと
原告は，本件新聞広告を証拠として提出し，同広告により指名手配されているから，迫害を受ける危険性がある旨主張する。
しかしながら，本件新聞広告の手配元や原告に係る容疑は不明であり，掲載された氏名も原告の氏名とは異なっている上，顔写真も一目で原告本人であるとは判別できないものである。
仮に顔写真が原告のものであったとしても，本件新聞広告の掲載日は２００９年（平成２１年）１２月２１日であるところ，原告がウガンダを出国した後，２００９年（平成２１年）６月３０日に本件難民申請をし，同年１２月１７日に本件難民不認定処分の通知を受けていることからすれば，本件新聞広告は，原告の難民認定申請手続に有利となるよう掲載されたものである疑いすらある。
また，上記イ（ウ）で述べたとおり，原告の供述を前提としても，原告と同じように草の根レベルで活動する者はウガンダに多数存在していたから，その中で原告が高額な懸賞金までかけられて指名手配されているというのは極めて不自然である。
（イ）　原告が提出した他の文書の真正にも疑義があり，原告が提出する証拠を直ちに信用することはできないこと
原告は，退去強制手続において，逮捕される前から婚姻をする手続を進めていた旨述べ，それを証する資料として宣誓供述書を提出している。
しかしながら，その宣誓供述書は，原告が本邦に不法残留中の２００８年（平成２０年）１２月３０日，ウガンダの首都カンパラにおいて，宣誓されたものであるとされているなど，その作成経緯には重大な疑念を差し挟まざるを得ない。このように，原告が提出した資料について，真正に成立したものであるか重大な疑いがあるものがほかに存在する事実は，本件新聞広告の信ぴょう性をも減殺する事情ということができる。
（ウ）　小括
以上より，本件新聞広告は原告の難民該当性を基礎付ける証拠とは認め難く，原告が指名手配されているとは認められない。
エ　原告の難民該当性を否定する事情が存すること
（ア）　原告がウガンダ政府から自己名義の旅券の発給を受け，正規の出国手続でウガンダを出国したこと
原告は，既に重大な暴行を受けていたとする２００６年（平成１８年）９月２６日，ウガンダ政府の外務省において自ら手続をして正規の旅券の発付を受けている。
旅券は，外国への渡航を希望する自国民に対し当該国政府が発給する文書であり，その所持人の国籍及び身分を公証し，かつ，渡航先の外国官憲にその所持人に対する保護と旅行の便宜供与を依頼し，更にはその者の引取りを保証する文書であるから，原告が旅券を取得できたことは，ウガンダ政府からの迫害に対する恐怖を抱いていなかったことを示すものであり，かつ，ウガンダ政府が原告を迫害の対象としていなかったことの証左であるというべきである。
また，原告は，上記旅券を使って，正規の出国手続により本国を出国しているところ，仮にウガンダ政府が原告を迫害の対象として動向を注視し，強く関心を寄せていたとすれば，そのような者を特段問題とせずに出国させるとは考え難いから，このことからしても，ウガンダ政府が原告を迫害の対象としていたとは解されない。
（イ）　原告がウガンダを出国した後，合理的理由もなく，香港において庇護を求めていないことについて
原告は，ウガンダを出国した後，来日するまでの間，ケニアを経由し，香港に４日間滞在し観光等をして過ごしていた。原告が，ウガンダ政府による迫害の危険を感じていたのであれば，香港に上陸後，直ちに香港において庇護を求めるのが自然であるし，それを妨げる事情もなかったと考えられるから，真にウガンダ政府から迫害を受けるおそれがあるという切迫した恐怖を感じている者の行動としては明らかに不自然，不合理である。
（ウ）　原告が領事官通報を要請していたこと
原告は，２００９年（平成２１年）３月３日，入管法違反（不法残留）容疑で逮捕された際，領事官への通報を要請し，ウガンダの政府機関と接触しようとしているのであり，ウガンダ政府から迫害を受けるおそれがあるという主観的恐怖を有していなかったことを推認させる。
（エ）　原告は本件退令発付処分を受けるまで，難民該当性に係る事情を供述していなかった上，ウガンダへの帰国を希望していたこと
ａ　原告は，平成２１年３月１３日，東京入国管理局入国警備官による違反調査において，退去強制となった場合の送還先についてウガンダ以外の国を希望するに至ったが，これは知人のＥに殺害されるかもしれないという私人間の事情を理由とするものであった。
また，原告は，口頭審理を受けた際，東京入国管理局特別審理官に対し，日本での在留が認められなかった場合，ウガンダで生活する旨供述していた。
原告がウガンダへの帰国を希望するなどしていた事実は，原告が，ウガンダに帰国したとしても迫害を受けるおそれがあるとの恐怖を抱いていなかったことを端的に示すものである。
ｂ　この点について，原告は，ウガンダを出国した際には，本邦に長期間滞在するつもりはなかったが，入国管理局に収容中にウガンダ在住の姉と連絡をとったところ，原告がウガンダに戻るのは危険だと言われ，本件難民申請をするに至ったなどと主張する。
しかしながら，原告の主張のとおり，原告はウガンダで暴行を受けており，２００７年（平成１９年）１２月の暴行がきっかけでウガンダにいることは危険だと感じ，一時的に本国を離れた後に本国へ戻るつもりでいたのだとすれば，逐一ウガンダの状況を家族等に確認するのが当然であるところ，原告はこれを行っていなかったというのであるから，不自然である。
ｃ　以上のとおり，原告が本邦入国後，約１年２か月にわたり難民としての庇護や保護を何ら求めなかったことは，原告の難民該当性を否定する有力な事情ということができる。
オ　まとめ
以上の諸事情を総合すれば，原告には，その難民該当性を基礎付けるような個別具体的な迫害を受けるおそれがあるとは認められず，原告を難民と認めることはできない。
よって，本件難民不認定処分は適法である。
４　争点２ないし４に関する当事者の主張の要点
（原告の主張の要点）
原告は難民であるのに，誤って原告を難民でないことを前提として本件在特不許可処分，本件裁決及び本件退令発付処分がされたのであるから，これらの処分はいずれも違法であり，無効である。
（被告の主張の要点）
(1)　本件在特不許可処分が適法であること
入管法６１条の２の２第２項に基づく在留資格未取得外国人を対象とする在留特別許可に係る法務大臣等の裁量は極めて広いものであり，適法に在留する外国人を対象とする在留期間更新許可に係る法務大臣等のそれと比べても，質的に格段にその範囲が広いというべきであるから，在留特別許可を付与しないという法務大臣等の判断が裁量権の逸脱，濫用に当たるとして違法とされるような事態は，容易には想定し難いというべきであり，その判断が違法となり得る場合があるとしても，それは法律上当然に退去強制されるべき外国人について，なお我が国に在留することを認めなければならない積極的な理由があったにもかかわらずこれが看過されたなど，在留特別許可の制度を設けた法の趣旨に明らかに反するような極めて特別な事情が認められる場合に限られるというべきである。
原告は，難民に該当せず，他に原告の在留特別許可の許否の判断において，特段考慮すべき事情も存しないから，原告につき在留特別許可の制度を設けた法の趣旨に明らかに反するような極めて特別な事情は認められず，入管法６１条の２の２第２項による在留特別許可を付与しなかった東京入国管理局長の判断に裁量権の逸脱，濫用はなく，本件在特不許可処分は適法である。
(2)　本件裁決が適法であること
在留特別許可の許否に係る法務大臣等の裁量の範囲は，極めて広範なものであり，在留特別許可をしないという法務大臣等の判断が裁量権の逸脱濫用に当たるとして違法とされるのは，法律上当然に退去強制されるべき外国人について，なお我が国に在留することを認めなければならない積極的な理由があったにもかかわらず，これが看過された場合など，在留特別許可の制度を設けた入管法の趣旨に明らかに反するような極めて特別な事情がある場合に限られるというべきである。
原告は，在留期限を超えて本邦に不法残留した者で，法２４条４号ロ（不法残留）所定の退去強制事由に該当し，かつ，法２４条の３各号所定の出国命令対象者の要件を満たさないから，原告が法律上当然に退去強制されるべき外国人に当たる。そして，原告は不法残留し，外登法上の義務を怠ったのであるから，その在留状況は悪質であり，原告と交際していた女性との関係は，在留特別許可の許否判断において格別積極的にしんしゃくすべき事情とはいえないことからすると，本件において，法務大臣等の極めて広範な裁量権を前提として，原告に在留を特別に許可しなければ入管法の趣旨に明らかに反するような極めて特別な事情があるとは認められない。
したがって，本件裁決における東京入国管理局長の判断に裁量権の逸脱，濫用はなく，本件裁決は適法である。
(3)　本件退令発付処分が適法であること
退去強制手続において，法務大臣等から「異議の申出は理由がない」との裁決をした旨の通知を受けた場合，主任審査官は，速やかに退去強制令書を発付しなければならないのであって（法４９条６項），退去強制令書を発付するにつき全く裁量の余地はないのであるから，上記のとおり，本件裁決が適法である以上，本件退令発付処分も当然に適法であるというべきである。
(4)　本件裁決，本件退令発付処分及び本件在特不許可処分に重大かつ明白な瑕疵は認められないこと
行政処分が無効であるというためには，当該処分に「重大かつ明白な瑕疵」が存在しなければならないところ，本件裁決，本件退令発付処分及び本件在特不許可処分については，実体要件，手続要件ともに，重大かつ明白な瑕疵があったとはいえないから，この点からしても原告の主張は理由がない。
第３　当裁判所の判断
１　本件難民不認定処分の適法性（争点１）について
(1) 　難民の意義等について
入管法２条３号の２は，同法における「難民」の意義について，難民条約１条の規定又は難民議定書１条の規定により難民条約の適用を受ける難民をいうと規定している。このような同法の規定に照らせば，同法にいう難民とは，「人種，宗教，国籍若しくは特定の社会的集団の構成員であること又は政治的意見を理由に迫害を受けるおそれがあるという十分に理由のある恐怖を有するために，国籍国の外にいる者であって，その国籍国の保護を受けることができないもの又はそのような恐怖を有するためにその国籍国の保護を受けることを望まないもの及び常居所を有していた国の外にいる無国籍者であって，当該常居所を有していた国に帰ることができないもの又はそのような恐怖を有するために当該常居所を有していた国に帰ることを望まないもの」をいうと解するのが相当である。
そして，上記の「迫害」の意義については，難民条約３１条１項が，「締結国は，その生命又は自由が第１条の意味において脅威にさらされていた領域から直接来た難民」について「不法に入国し又は不法にいることを理由として刑罰を科してはならない。」とし，難民条約３３条１項が，「締結国は，難民を，いかなる方法によっても，人種，宗教，国籍若しくは特定の社会的集団の構成員であること又は政治的意見のためにその生命又は自由が脅威にさらされるおそれのある領域の国境へ追放し又は送還してはならない。」としていることに照らすと，「生命又は自由」の侵害又は抑圧をいうと解するのが相当であり，ここにおいて「自由」が「生命」と並置されており，「難民」となり得るのは，迫害を受けるおそれがあるという状況に直面したときに「恐怖を有する」ような場合であると考えられること（難民条約１条Ａ(2)参照）からすれば，この「自由」は，生命活動に関する自由，すなわち肉体活動の自由を意味するものと解するのが合理的である。そして，難民条約は，農業，工業，手工業，商業などの自営業に関して（１８条），自由業に関して（１９条），また，初等教育以外の教育に関して（２２条２項），いずれも，締約国は，「できる限り有利な待遇」を与え，かつ，「いかなる場合にも，同一の事情の下で一般に外国人に対して与える待遇よりも不利でない待遇を与える」ものとしており，動産及び不動産に関する権利に関して（１３条），賃金が支払われる職業に関して（１７条），公的扶助に関して（２３条），また，労働法制及び社会保障に関して（２４条）も，類似の定めがあるが，上記のような待遇が外国人に付与されるか否かは，難民条約の締約国の国内法制によるものと考えられることに照らすと，上記の「自由」に経済的自由等が含まれるとは解し難い。そうすると，上記の「迫害」の意義については，通常人において受忍し得ない苦痛をもたらす攻撃ないし圧迫であって，生命又は身体の自由の侵害又は抑圧を意味するものと解するのが相当である。また，上記にいう「迫害を受けるおそれがあるという十分に理由のある恐怖を有する」というためには，当該人が迫害を受けるおそれがあるという恐怖を抱いているという主観的事情のほかに，通常人が当該人の立場に置かれた場合にも迫害の恐怖を抱くような客観的事情が存在していることが必要であると解される。
なお，上記の難民該当性に係る各要件については，難民の認定を申請しようとする外国人に対して難民に該当することを証する資料の提出を求めている入管法６１条の２第１項及び出入国管理及び難民認定法施行規則５５条１項の趣旨に照らし，申請者たる原告が立証すべきものと解するのが相当である。
原告は，上記と異なる主張をするが，原告の主張するように解すべき我が国の法令上の根拠等も格別見出し難いから，採用することができない。
(2) 　認定事実
前提事実，後に掲記する証拠及び弁論の全趣旨によれば，以下の事実が認められる。
ア　ウガンダの政治情勢等
（ア）　ウガンダは，１９６２年（昭和３７年），旧宗主国である英国から独立した国家であり，１９６３年（昭和３８年）以降，共和制を採用し，大統領を国家元首としている（乙４０，４１）。首都はカンパラであり，人口は，２０１２年当時の推定で３５６２万１０００人とされている（乙３８）。
（イ）　ウガンダにおいては，独立して以来，クーデター等が繰り返されたが，ムセベニが，１９８６年（昭和６１年），ＮＲＭを率いて武力で首都カンパラを制圧し，大統領に就任した。その後，ムセベニは，１９９６年（平成８年），２００１年（平戊１３年）３月，２００６年（平成１８年）２月及び２０１１年（平成２３年）２月に実施された大統領選において，いずれも再選された（乙３９～４４）。
ウガンダにおいては，２０００年（平成１２年）の国民投票で，複数政党制導入の是非を問う国民投票が実施され，与党ＮＲＭによる一党統治体制が支持されたが，２００５年（平成１７年）７月の国民投票により，複数政党制への回帰が決定された。
（ウ）　ウガンダの議会は，一院制の国民議会で，合計３８８議席のうち２３８議席が直接選挙で選出されることとなっており，２０１１年（平成２３年）の選挙の結果，ＮＲＭが２６４議席，ＦＤＣが３４議席，民主党が１２議席，ウガンダ人民会議が１０議席となった（乙４１）。２０１４年（平成２６年）１月現在，ＦＤＣの所属議員は，３６名とされている（乙４５）。
イ　ＦＤＣ等について
（ア）　ＲＡＦは，２００１年（平成１３年）の大統領選挙でベシグエを支援した団体を母体として生まれた団体であり，ＦＤＣは，２００４年，ＲＡＦ，議会擁護フォーラム，ウガンダ民主フォーラムという野党勢力が合併して創設された政党である。ＦＤＣは，ウガンダの最大野党であり，ウガンダを真に繁栄し統一された国家に変革することを目指し，人々が平和に暮らし，誠実な政府の下で威厳を保って暮らせるウガンダを目指しているとされている（乙４４，４６）。
２００６年（平成１８年）２月の大統領選挙において，当時のＦＤＣの党首であったベシグエが約３７パーセントの票を得た（甲６，乙４６）。
（イ）　２００７年度版の米国国務省国別報告書には，ウガンダについて，「２００７年は政治的な失踪に関する報告がなかったものの，それ以前に起きた失踪は依然として未解決であった。２００６年５月に失踪したＦＤＣの党員のRobert Mugyenyiや２００５年に失踪したOtim orachについては，何も進展がなかった」旨の記載がある（甲７）。
ヒューマン・ライツ・ウォッチの報告書や各種記事によれば，ＦＤＣ党首であるベシグエが，少なくとも２８回逮捕され，６回は裁判にかけられ，一度刑務所に収監されたことや，ＦＤＣの議員が警察により暴行を受けたことなどが報告されている（甲９ないし１１，１３，１５）。
また，ヒューマン・ライツ・ウォッチの報告書によれば，ウガンダにおいて，２００１年（平成１３年）３月の大統領選挙に至るまでの間に，兵士，軍の情報部員，警察，大統領保護ユニット等が関与する暴行及び恣意的な逮捕の報告がされたなどと報告されている（甲４７）。
ウ　原告が来日後に受けた手続，供述状況等
（ア）　原告は，平成２０年４月１１日，在留資格を「短期滞在」，在留期間を「９０日」とする上陸許可を受けて本邦に上陸し，平成２０年７月１１日，在留期間を「３０日」とする在留期間の更新を受けたものの，その後，在留期間の更新又は在留資格の変更を受けないで，在留期間の末日である平成２０年８月９日を超えて本邦に残留した。
（イ）　原告は，平成２１年３月３日，入管法違反（不法残留）の罪に係る現行犯人として逮捕された後，同月１３日，東京入国管理局入国警備官に引き渡され，収容令書を執行され，違反調査を受けた。
原告は，その違反調査時，観光のために日本に来た，その後ウガンダ人の知人であるＥに貸したお金を返してもらいたかったために不法残留した，在留期間の更新を１回したが，その後更新することをあきらめた，などと供述した（乙６）。
（ウ）　原告は，平成２１年３月１６日，東京入国管理局入国審査官による審査を受けた際，不法残留したことにより，ウガンダに帰国しなければならないことは理解しているが，帰国するかどうかは交際中のフィリピン人の女性に相談して決めたい，などと供述し（乙８），同月１７日及び１８日に受けた審査においては，同女性と結婚をする予定があるため，日本に滞在を希望するが，そのほかに滞在を希望する理由はない，退去強制させられる立場にあることは理解しており，滞在が認められない場合には，ウガンダに帰国しなければならないことも分かる，などと供述していた（乙９，１０）。
（エ）　原告は，東京入国管理局入国審査官から，入管法２４条４号ロに該当するなどと認定され，東京入国管理局特別審理官に対し口頭審理の請求をし，平成２１年４月７日に実施された口頭審理において，在留を希望する理由は，恋人と結婚をして日本に住みたいことであると供述し，それ以外に理由があるか聞かれると，Ｅにお金を貸したが返さずに逃げたので，ウガンダに帰国するとＥから危害を加えられることと答えた。そして，仮に在留が認められなかった場合，交際している女性とウガンダで生活をすることができるか聞かれると，そうすると答え，フィリピンで生活することができるか聞かれると，ウガンダに連れて帰ると答えた（乙１３）。
（オ）　原告は，平成２１年４月７日，東京入国管理局特別審理官から，上記（エ）の東京入国管理局入国審査官の認定は誤りがないと判定され，法務大臣に対し異議を申し出たところ，その際に提出した異議申出書には，「日本に滞在したい理由は，婚約者がいることです。」などと記載している（乙１５）。
（カ）　原告は，平成２１年４月２４日，本件裁決を受け，同月２８日，本件退令発付処分を受けるなどして，東京入国管理局収容場に引き続き収容された。
（キ）　原告は，平成２１年６月３０日，本件難民申請をし，そのときに提出した本件難民申請書では，項目１の「もしあなたが本国に戻った場合に，迫害を受ける理由は次のどれですか」との質問に対し「政治的意見」を選択し，その理由，根拠として，ＦＤＣのメンバーであること，選挙において自分の政党を支持することで闘っていること，草の根レベルで若者の動員に関わり，ＦＤＣへの投票と指示を呼びかけてきたことなどを記載した。そして，「上記１の理由により逮捕，拘留，拘禁その他身体の拘束や暴行等を受けたことがありますか」との質問に対し，「いいえ」を選択している。また，同申請書において，「あなたは本国政府に敵対する組織に属していましたか。」，「あなたは本国政府に敵対する政治的意見を表明したり，行動をとったことがありますか。」との質問に対しては，いずれも「いいえ」を選択している（乙２１）。
原告が，本件難民申請書とともに提出した６月３０日付け陳述書には，２００１年（平成１３年）の選挙で新しい政党であるＦＤＣを支持することに決め，入党した，草の根レベルで若者を動員，組織していた，２００７年（平成１９年）１２月４日の午後１０時頃，ナンバープレートがなく，ＮＲＭのポスターを貼った車から出てきた者に襲われ，暴行を受け，私の名前がリストに載っていると言っていた，私たちがあらゆる手段を使って政府を転覆しようとしていると言って私たちの政党の資料と友人全員の名前を要求してきた，などの記載がある（乙２２）。
（ク）　原告は，平成２１年１１月９日及び１０日，東京入国管理局難民調査官から事情を聴取され，その際，２００１年（平成１３年）にＦＤＣのメンバーになった，若者たちがＦＤＣを支持するように先導した，２００７年（平成１９年）に政党であるＮＲＭの下にある治安局の人間に襲われた，品川にいた頃，姉と連絡をとったところ，私が政治活動に関わっていたので安全ではないことなどを聞いた，などと供述した（乙２３，２４）。
（ケ）　原告は，平成２１年１２月７日，本件難民不認定処分を受け，同月１１日，本件在特不許可処分を受け，同月１８日，本件異議申立てをした。
（コ）　原告は，平成２２年１２月２１日，仮放免された。
（サ）　原告は，本件異議申立ての手続の中で，２００１年（平成１３年）にＲＡＦに入党した，２００１年（平成１３年）２月，道路において，トラックで近付いてきた軍服姿を含む男性たちに暴行を受け，意識を失った，２００７年（平成１９年）１２月４日，ナンバープレートがなく，ＮＲＭのポスターが張っている車で近付いてきた者から暴行を受け，私の党に関する資料等を要求された，などと記載した陳述書を提出した（乙３１）。
（シ）　原告は，平成２３年５月２４日，本件審尋において，２００１年（平成１３年）に，トラックに乗って近付いてきた者に襲われ，暴行を受けた，２００１年（平成１３年）にＮＲＭのメンバーから暴行を受けた，２００７年（平成１９年）には，ＮＲＭのサインが掲げられていた車から降りてきた２人の男に暴行を受けた，ＦＤＣに参加したのは２００１年（平成１３年）である，などと供述した（乙３６）。
(3) 　原告の難民該当性について
ア　原告がＦＤＣの党員として反政府活動していた旨の主張について
（ア）　上記(2)ウの（キ），（ク），（サ），（シ）で認定したとおり，原告は，本件難民申請をした後は，ＦＤＣの党員であることや，２００１年（平成１３年）２月及び２００７年（平成１９年）１２月に反政府活動をしていたことについて供述し，その旨の陳述書を提出している。また，本件訴訟においても，その旨供述している（原告本人）。
しかしながら，それら供述等の内容をみると，原告は，２００１年（平成１３年）に入党したとする政党について，本件難民申請時や，難民調査官により事情聴取をされた際には，ＦＤＣであったとし，本件異議申立ての手続においては，ＲＡＦであったとし，本件審尋においては，ＦＤＣであると述べ，本件訴訟においては，ＲＡＦであると供述しているのであり（原告本人），自身が入党したとする政党名について変遷がみられる。そして，前記(2)イ（ア）で認定したとおり，ＦＤＣが創設されたのは２００４年（平成１６年）であるから，２００１年（平成１３年）にＦＤＣに入党したというのは，客観的に正確な事実と反することを供述していたことになる。
政党がいつどのように創設されたかなどの帰趨については，党員として反政府活動をしていたというような者であれば，知っていてしかるべき事柄であるといえることからすると，原告が主張するように，ＦＤＣがＲＡＦを含む野党勢力が合併して創設された政党であることや，ＦＤＣとＲＡＦは，いずれもベシグエが率いていたという点で共通することを考慮に入れても，上記のとおりの供述の変遷に合理的な理由があるとみることはできず，不自然であるといわざるを得ない。
（イ）　また，上記(2)ウの（ア）ないし（オ）で認定したとおり，原告は，平成２１年３月３日に入管法違反で逮捕されてから，同年４月２４日に本件裁決を受けるまでの手続において，入国警備官，入国審査官及び特別審理官に対し，来日した目的は観光であり，在留を希望する理由は，交際中のフィリピン人の女性と結婚をして日本に住みたいことのほか，ウガンダに帰国すると，知人であるＥに危害を加えられることを挙げていたが，ＦＤＣの党員として反政府活動をしており，そのために政府から暴行を受けたことがあるためにウガンダ政府から迫害を受けるおそれがあるなどの事情は述べていない。
しかも，原告の上記供述（乙６，８～１０，１２，１３）をみると，日本の文化等に興味を持っており，少年時代からの夢を叶えるためにお金を貯めて旅行費用を作ったことなど，観光のために日本に来た目的を極めて具体的に供述している上，交際している女性と結婚をして家族を持ちたい，在留が認められなかった場合は，その女性をウガンダに連れて帰るなどと供述しているのである。この点について，原告は，ウガンダを出国した際には，本邦に長期間滞在するつもりはなかったが，入国管理局に収容中にウガンダの姉と連絡をとったところ，原告がウガンダに戻るのは危険だと言われ，本件難民申請をするに至ったなどと主張する。しかしながら，原告がＦＤＣの党員として反政府活動を行っており，そのために暴行を受け，これを契機にウガンダにいることを危険と感じたというのに，退去強制手続の中で，日本に在留したい理由としてその旨を全く述べていないことは極めて不自然といわざるを得ず，上記のとおりの供述の経過に照らすと，ＦＤＣの党員として活動していた旨の供述はにわかには信用することができないというほかはない。
（ウ）　次に，原告は，ＦＤＣの党員であったことを証する証拠として，党員登録申請書（甲１６），選挙要員任命書（甲４５，４６），党員証（甲４８），カンパラ地区委員長の書簡（甲４９，５０）を提出するので，これらについて検討する。
原告は，本件訴訟における本人尋問期日（第４回口頭弁論期日。平成２６年１０月２０日）において，選挙要員任命書を提出し，その後の第６回口頭弁論期日（平成２７年４月２４日）において，党員証及びカンパラ地区委員長の書簡を提出した。
選挙要員任命書は２００１年（平成１３年）１月８日及び２００５年（平成１７年）１２月３１日付けのものであり，原告は，来日前からウガンダの自宅にあったものであり，最近になって送付してもらったものであると述べる。しかしながら，同選挙要員任命書は，その記載内容からすると，ＦＤＣの党員であったことを証する有力な証拠となり得るものであるから，平成２１年６月３０日に本件難民申請をした後，難民認定手続やその後の異議申立て手続の中で提出されず，ようやく平成２６年１０月２０日になって提出されたということに，合理的な理由を見いだすことは困難である。
また，党員証及びカンパラ地区委員長の書簡についても，本件難民申請後のより早い段階で提出することなく，平成２７年４月２４日に至ってようやく提出したのであり，上記と同様，やはり不自然というべきである。
しかも，カンパラ地区委員長の書簡の内容をみると，原告が２００１年（平成１３年）２月及び２００７年（平成１９年）１２月に受けたとする暴行について詳細に記載されているところ，その作成者であるＦＤＣカンパラ地区委員長が，その様子を目撃していたとは考えにくく，原告の陳述書における供述内容と酷似していることからすると，同書簡の暴行についての記載は，原告が述べていることをそのまま記載したものであることがうかがわれる。
こうしてみると，選挙要員任命書，党員証及びカンパラ地区委員長の書簡は，いずれもその証拠としての価値が高いものということは困難であり，他方において，原告の提出する２００６年（平成１８年）８月２日の日付の入った党員登録申請書（MEMBERSHIP REGISTRATION FORM）については，それ自体から，ＦＤＣの党員の登録を申請する書類であるとみることができるものの，実際に登録手続が行われたか否か定かではなく，その証拠としての価値を高くみることはできないところである。
イ　原告が反政府活動を理由として暴行を受けた旨の主張について
（ア）　原告は，ウガンダで行っていた反政府活動を理由として，２００１年（平成１３年）２月，２００７年（平成１９年）１２月に暴行を受けた旨供述する。
しかしながら，上記(2)ウ（キ）で認定したとおり，原告は，本件難民申請書においては，政治活動を理由として，ウガンダ政府から暴行等を受けたことはない旨記載していたところ，難民の認定を申請する者にとって，難民認定申請書における記載事項が極めて重要な意味を持つことは容易に理解し得ることであることに照らすと，原告が主張するように，本件難民申請書と併せて提出した６月３０日付け陳述書において暴行を受けたことなどを記載していたことを考慮しても，原告が暴行を受けていたとする各供述の信用性を減殺する事情といわざるを得ない。
（イ）　また，上記(2)ウ（シ）で認定のとおり，原告は，本件審尋において，２００１年（平成１３年）２月に暴行を加えたのは，ＮＲＭのメンバーであると供述していたが，本人尋問においては，政府軍であるＮＲＡであると供述している（原告本人）。そして，原告は，本人尋問において，この供述の変遷について聞かれると，ＮＲＡとＮＲＭは同じものである旨説明しているが，ＦＤＣの党員として反政府活動をしていた者が政党と政府軍とを混同したということ自体，不自然であることを否定できない。
ウ　まとめ
このように，原告の供述経過等をみると，原告がＦＤＣの党員として反政府活動をしており，そのために暴行を受けたなどとする供述は，信用することができないといわざるを得ず，そのようなことがあったと認定することはできない。
エ　本件新聞広告について
原告は，本件新聞広告をもって，ウガンダで指名手配されており，迫害の危険性がある旨主張する。
しかしながら，本件新聞広告（甲１８）をみると，新聞の紙面の中などに「指名手配」として原告の名前や「高額謝礼金が待っています」などの記載がされているものの，指名手配をしている主体や指名手配に係る容疑は何ら記載されていない。しかも，本件新聞広告の掲載日は２００９年（平成２１年）１２月２１日であり，原告が本国を出国した２００８年（平成２０年）４月７日から，１年８か月以上も経っていることからすると，そもそもその信ぴょう性に疑問を抱かざるを得ない。これらの事情に加え，原告は，草の根レベルで活動をしていたというのであって，そのような者に対して「高額謝礼金」を支払うような「指名手配」がされているということ自体不自然といわざるを得ないのであって，本件新聞広告によって，原告がウガンダにおいて指名手配されていると認定することは到底困難である。
オ　以上のほか，原告が正規の旅券を入手し，ウガンダを問題なく出国していること（乙２），原告が領事官通報を要請しており，ウガンダの政府機関との接触を避けようとはしていなかったこと（原告本人，乙１）などの事情もあることにも照らすと，原告については，本件難民不認定処分がされた時点において，原告が主張するところを理由として入管法上の難民に該当していたものと認めることはできないというべきであるから，本件難民不認定処分が違法であるとは認め難い。
２　本件在特不許可処分の効力（争点２）について
(1) 　難民の認定をしない処分をするときにされる入管法６１条の２の２第２項の在留特別許可については，難民の認定の申請をした在留資格未取得外国人の在留を特別に許可すべき事情があるか否かを審査し，当該事情があると認めるときにすることができることとされているほかは，その許否の判断の要件ないし基準とすべき事項は定められていないことに加え，在留資格未取得外国人は，同法２４条各号の退去強制事由に該当する者であること，一般に，外国人の出入国の管理及び在留の規制は，国内の治安と善良な風俗の維持，保健・衛生の確保，労働市場の安定等の国益の保持を目的として行われるものであって，このような国益の保持の判断については，広く情報を収集し，その分析の上に立って時宜に応じた的確な判断を行うことが必要であり，高度な政治的判断を要求される場合もあり得ることなどを勘案すれば，同法６１条の２の２第２項の規定に基づく在留特別許可をすべきか否かの判断は，法務大臣の広範な裁量に委ねられていると解すべきである。
もっとも，その裁量権の内容は全く無制約のものではなく，その判断の基礎とされた重要な事実に誤認があること等により判断が全く事実の基礎を欠く場合や，事実に対する評価が明白に合理性を欠くこと等により判断が社会通念に照らし著しく妥当性を欠くことが明らかである場合には，法務大臣の判断が裁量権の範囲を逸脱し又はこれを濫用したものとして違法になることがあるものと解される。以上に述べたことは，法務大臣から権限の委任を受けた地方入国管理局長が在留特別許可に係る判断をする場合についても，異なるところはないと解される。
(2) 　前提事実，証拠（後掲のもの）及び弁論の全趣旨によれば，原告については，①在留期限である平成２０年８月９日を超えて不法残留となってから平成２１年３月３日に笠間警察署警察官に逮捕されるまでの約７か月の間，不法残留を継続していたこと，②原告は，平成２０年６月９日，居住地を「愛知県豊明市〈以下省略〉」とする登録を受け，平成２１年３月３日に入管法違反の罪に係る現行犯人として逮捕されたときには，茨城県水戸市に居住していたが，その間，外登法に基づく居住地変更の登録を申請することがなかったこと（乙１，６）が認められ，①のとおりの原告の在留の状況が我が国の出入国管理秩序と相いれないものと評価されてもやむを得ないことや，②のとおりの原告の行動は，本邦に在留する外国人の居住関係及び身分関係を明確ならしめ，もって在留外国人の公正な管理に資することを目的とする外登法の趣旨に反する行為であり，同法の罰則規定（同法１８条１項２号，１８条の２第２号）にも抵触するものであるから，これを消極的な要素として考慮されても，不合理なものということはできず，他に原告に有利に解すべき特段の事情も見当たらないことからすると，本件在特不許可処分（平成２１年１２月１１日）について，その基礎とされた重要な事実に誤認があることにより判断が全く事実の基礎を欠くとか，事実に対する評価が明白に合理性を欠くこと等により判断が社会通念に照らし著しく妥当性を欠くことが明らかであるということはできない。
そして，原告は，難民に該当することを前提として本件在特不許可処分が違法であるとも主張するが，原告が難民であると認められないことは，前記１で述べたとおりであり，その主張は前提を欠くものである。
そうすると，本件在特不許可処分が違法であるということはできず，無効であるということはできないというべきである。
３　本件裁決の効力（争点３）について
在留特別許可をすべきか否かの判断においても，法務大臣等の広範な裁量に委ねられていると解するべきであり，その判断の基礎とされた重要な事実に誤認があることなどにより判断が全く事実の基礎を欠く場合や，事実に対する評価が明白に合理性を欠くこと等により判断が社会通念に照らし著しく妥当性を欠くことが明らかである場合には，法務大臣の判断が裁量権の範囲から逸脱し，又はこれを濫用したものとして違法になることがあるものと解される（なお，本件裁決の時点では，本件難民申請はされていなかったので，本件裁決においては，入管法５０条１項の規定が適用される。）。
そして，本件裁決時（平成２１年４月２８日）においても，前記２(2)の①及び②のとおりの原告の在留の状況や外登法に基づく居住地の変更を行っていなかったことに関する事情が当てはまるほか，その当時においては，原告には交際していた女性がいたものの，原告が逮捕されるまでの交際期間は約４か月にすぎないことなどからすれば，東京入国管理局長が，原告と交際していた女性との関係を在留特別許可の許否を判断するに当たって特別に重視すべき事情であるとは評価しなかったとしても，不合理であるとはいい難いのであって，東京入国管理局長が原告に在留特別許可を付与することなく本件裁決をしたことについて，その判断が重要な事実の基礎を欠き又は社会通念上著しく妥当性を欠くことが明らかであるということはできない。また，原告は，難民であることを前提とした主張をするが，その前提を欠くことは前記１で述べたとおりである。
したがって，本件裁決が違法ということはできず，それが無効であるということはできない。
４　本件退令発付処分の効力（争点４）について
法務大臣から権限の委任を受けた東京入国管理局長は，入管法４９条１項による異議の申出を受理したときには，異議の申出に理由があるかどうかを裁決して，その結果を東京入国管理局主任審査官に通知しなければならず（同条３項），東京入国管理局主任審査官は，東京入国管理局長から異議の申出に理由がないと裁決した旨の通知を受けたときには，速やかに当該容疑者に対してその旨を知らせるとともに，同法５１条に規定する退去強制令書を発付しなければならない（同法４９条６項）。本件において，東京入国管理局主任審査官としては，東京入国管理局長から本件裁決に係る通知を受けた以上，これに従って，原告につき退去強制令書を発付するほかない。
したがって，本件退令発付処分が違法であるということはできず，それが無効であるということはできないというべきである。
第４　結論
以上によれば，原告の請求は，いずれも理由がないからこれらを棄却することとして，主文のとおり判決する。
（裁判長裁判官　舘内比佐志　裁判官　荒谷謙介　裁判官　宮端謙一）

別紙
指定代理人目録〈省略〉

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